廣西壯族自治區國家稅務局成立于一九九四年三月，直屬國家稅務總局領導，為正廳級單位。實行人員、編制、機構、經費"四垂直"管理，內設行政處室 12個、直屬機構 1個、事業單位 5個、巡視辦公室1個、機關黨委辦公室 1個、離退休干部管理辦公室1個，全區國稅系統在職干部總數11904 人，離退休人員5365人。廣西壯族自治區國稅局下轄14個市局，121個縣(市、區)局，111個直屬機構(其中稽查局97個，車輛購置稅征收管理稅務分局14個)，212個稅務分局，31個稅務所，168個事業單位，共有在職干部職工1.2萬人。管轄納稅戶558563戶。

2018年6月15日，國家稅務總局廣西壯族自治區稅務局掛牌成立，標志著原廣西壯族自治區國家稅務局、原廣西壯族自治區地方稅務局正式合并。