商店接受客戶刷卡后，需支付百分之二至三的手續費給銀行和信用卡中心。稱為刷卡手續費。2012年11月央行下發《中國人民銀行關于切實做好銀行卡刷卡手續費標準調整實施工作的通知》稱，此次手續費下調僅涉及境內銀行卡的消費交易，2003年施行的商戶刷卡手續費規定自2013年2月25日起同時廢止，此次刷卡費率總體下調幅度在23%至24%。

特約商店接受客戶刷卡后，需支付百分之二至三的手續費給銀行和信用卡中心。有些廠商為節省成本，會要求持卡人另外支付手續費，因為刷卡就必需開立發票，使商店無法逃稅。

根據現行的《中國銀聯入網機構銀行卡跨行交易收益分配辦法》，銀行卡收單業務的結算手續費全部由商戶承擔，但不同行業所實行的費率不同，費率標準從0.5%到4%不等。一般來說，零售業的刷卡手續費率在0.8%-1%，超市是0.5%，餐飲業為2%。